1．持鏡時必須是右手握臂、左手托座的姿勢，不可單手提取，以免零件脫落或碰撞到其它地方。
2．輕拿輕放，不可把顯微鏡放置在實驗臺的邊緣，以免碰翻落地。
3．保持顯微鏡的清潔，光學和照明部分只能用擦鏡紙擦拭，切忌口吹手抹或用布擦，機械部分用布擦拭。
4．水滴、酒精或其它藥品切勿接觸鏡頭和鏡臺，如果沾污應立即擦凈。
5．放置玻片標本時要對準通光孔中央，且不能反放玻片，防止壓壞玻片或碰壞物鏡。
6．要養成兩眼同時睜開的習慣，以左眼觀察視野，右眼用以繪圖。
7．不要隨意取下目鏡，以防止塵土落入物鏡，也不要任意拆卸各種零件，以防損壞。
8．使用完畢后，必須復原才能放回鏡箱內，其步驟是：取下標本片，轉動旋轉器使鏡頭離開通光孔，下降鏡臺，平放反光鏡，下降集光器(但不要接觸反光鏡)、關閉光圈，推片器回位，蓋上綢布和外罩，放回實驗臺柜內。最后填寫使用登記表。(注：反光鏡通常應垂直放，但有時因集光器沒提至應有高度，鏡臺下降時會碰壞光圈，所以這里改為平放)
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